O sistema de disputa é o mesmo da temporada passada. O campeonato continua com três fases distintas: a pré-temporada (não vale para efeito de classificação e serve como preparação para as equipes), a temporada regular (em que as equipes buscam vagas para a fase final) e os playoffs (série de mata-matas que decidem o título).
Cada equipe continua fazendo 82 jogos na temporada regular - que vai de 1º de novembro de 2005 a 19 de abril de 2006 -, enfrentando duas vezes os rivais da outra Conferência (uma em casa e outra fora), quatro vezes os adversários da mesma divisão (duas em casa e duas fora) e três ou quatro vezes as equipes da mesma Conferência.
Classificam-se para os playoffs os campeões de cada divisão, mais as cinco equipes de melhor campanha dentro da Conferência, independentemente da divisão a que pertencem.
Os campeões de divisão levam as posições 1, 2 e 3 na chave dos playoffs de cada Conferência, de acordo com sua campanha na temporada regular. No entanto, os times classificados em 2 e 3 não garantem a vantagem do mando de quadra na fase decisiva.
Isso porque uma equipe pode vencer sua divisão, mas ainda assim ter desempenho inferior a outro time classificado para os playoffs. Neste caso, o direito de decidir o mata-mata em casa fica com a equipe de melhor aproveitamento na primeira fase.
| CONFERÊNCIA LESTE |
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| Divisão do Atlântico | Divisão Central | Divisão Sudeste |
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| Boston Celtics | Chicago Bulls | Atlanta Hawks |
| New Jersey Nets | Cleveland Cavaliers | Charlotte Bobcats |
| New York Knicks | Detroit Pistons | Miami Heat |
| Philadelphia 76ers | Indiana Pacers | Orlando Magic |
| Toronto Raptors | Milwaukee Bucks | Washington Wizards |
| CONFERÊNCIA OESTE |
|---|
| Divisão Sudoeste | Divisão Noroeste | Divisão do Pacífico |
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| Dallas Mavericks | Denver Nuggets | Golden State Warriors |
| Houston Rockets | Minnesota Timberwolves | Los Angeles Clippers |
| Memphis Grizzlies | Portland Trail Blazers | Los Angeles Lakers |
| New Orleans Hornets | Seattle Supersonics | Phoenix Suns |
| San Antonio Spurs | Utah Jazz | Sacramento Kings |
Nacional feminino 
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