O Campeonato Baiano 2013 é dividido em quatro fases: a primeira de classificação, a fase quartas de final, semifinal e final. Na primeira fase, nove times se enfrentam em apenas jogos de ida, classificando-se os cinco melhores para próxima etapa.
Na fase quartas de final, entram Bahia, Vitória e Feirense (que disputam a Copa do Nordeste). Então, os oito times são divididos em duas chaves e serão realizadas partidas de turno e returno jogando grupo contra grupo.
Na fase semifinal os times classificados se enfrentarão em sistema de ida e volta. Os vencedores destas partidas avançam à final da competição. A vantagem nas partidas e de decidir em casa fica para a equipe que fizer melhor campanha nas quartas de final.
A final será disputada pelas equipes vencedoras das semifinais, com vantagem de mando no segundo jogo para o time que tiver feito melhor campanha a partir das quartas de final.
Em caso de empate em pontos ganhos entre duas ou mais equipes em qualquer uma das fases, os critérios de desempate são, nesta ordem:
- Número de vitórias
- Saldo de gols
- Gols marcados
- Confronto direto
- Saldo de gols no confronto direto
- Sorteio
Rebaixamento
Serão rebaixadas para a segunda divisão do futebol baiano as duas equipes com pior desempenho na fase de classificação.