O Campeonato da Série C conta com 63 clubes que devem passar por cinco fases para chegar ao título.

Primeira fase: as equipes são divididas em 16 grupos de 4 clubes. Elas jogam entre si em turno e returno dentro de cada grupo, classificando-se 32 times para a fase seguinte. Em caso de empate em pontos, os critérios de desempate são, nesta ordem: vitórias, saldo de gols, gols pró, confronto direto e sorteio.

Na segunda, terceira e quarta fase, os clubes são dispostos em grupos de apenas dois, que se enfrentam no sistema mata-mata. Apenas um se classifica para a fase seguinte. Em caso de empate na soma dos gols, quem marcar maior número de gols fora de casa se classifica. Persistindo a igualdade, a vaga é decidida na disputa de pênaltis.

Ao término da quarta fase, quatro times se classificam para a fase final. Nela, as equipes se enfrentam em turno e returno. Em caso de empate em pontos, valem os mesmos critérios da primeira fase, mas somados os resultados de todas as fases da competição..

O campeão e o vice-campeão da Série C são promovidos e disputarão a Série B em 2006. Não há rebaixamento na série C, uma vez que os clubes se classificam para a competição através dos campeonatos estaduais.