O Campeonato Brasileiro da Série D de 2012 terá a presença de 40 times, divididos em oito grupos de cinco clubes cada.

Na primeira fase, as equipes jogam entre si em turno e returno, dentro do próprio grupo. Classificam-se à segunda fase as duas melhores equipes de cada grupo.

Em caso de empate em pontos na primeira fase os critérios de desempate são nesta ordem:

a) maior número de vitórias;
b) maior saldo de gols;
c) maior número de gols pró;
d) confronto direto (quando o empate ocorrer entre dois clubes);
e) menor número de cartões vermelhos recebidos;
f) menor número de cartões amarelos recebidos;
g) sorteio.

A partir da 2ª fase, as 16 equipes classificadas se enfrentam em sistema eliminatório, em jogos de ida e volta, até restarem os dois finalistas

As quatro equipes que se classificarem às semifinais garantem acesso à Série C em 2013.

Em caso de empate em pontos nas fases finais, os critérios de desempate são nesta ordem:

a) maior saldo de gols;
b) maior número de gols assinalados no campo do adversário;
c) cobrança de pênaltis