A Copa Kaiser São Paulo 2012, disputada entre os dias 18 de março de 2012 e 18 de novembro de 2012 por 192 equipes, é dividida em seis fases. Nas cinco primeiras, os clubes são divididos por zonas da cidade (Norte, Sul, Leste e Oeste). Ná última fase os times se enfrentam independentemente da região onde estão localizados.

Na zonas Norte, Sul e Oeste a primeira fase tem 32 times em cada região, sendo divididos em oito grupos de quatro. Os três primeiros colocados passam para a segunda fase. Os 24 times restantes são divididos em seis grupos de quatro, com o campeão e o vice avançando. Na terceira fase, os 12 times são distribuídos em três grupos de quatro. Novamente o campeão e o vice passam de fase, assim como os times com os dois melhores índices técnico-disciplinares entre os desclassificados.

Na quarta fase, os oito clubes são divididos em dois grupos de quatro. Os dois primeiros colocados de cada grupo avançam. Já na quinta fase, os quatro times restantes ficam em um único grupo. O campeão e o vice vão para a fase final.

Na Zona Leste a primeira fase tem 96 times, divididos em 24 grupos de quatro. O campeão e o vice passam para a segunda fase. Os 48 times restantes são divididos em 12 grupos de quatro, com o campeão e o vice avançando. Na terceira fase, os 24 times são distribuídos em seis grupos de quatro. Novamente o campeão e o vice passam de fase.

Na quarta fase, os 12 clubes são divididos em três grupos de quatro. Os dois primeiros colocados de cada grupo avançam, assim como os times com os dois melhores índices técnico-disciplinares entre os desclassificados. Já na quinta fase, os oito times restantes ficam em dois grupos de quatro. O campeão e o vice de cada grupo vão para a fase final.

A fase final do campeonato é dividida entre oitavas de final, quartas de final, semifinal e final. Nas oitavas, os 12 times são divididos em três grupos de quatro. O campeão e o vice passam de fase, assim como os times com os dois melhores índices técnico-disciplinares entre os desclassificados. Nas quartas de final, as oito equipes ficam em dois grupos de quatro, com o campeão e o vice avançando às semifinais.

As semifinais serão disputada no sistema de mata-mata, em jogo único, com o primeiro colocado de um grupo enfrentando o segundo do outro. Os dois vencedores vão disputar a grande final do campeonato.