O Campeonato Paulista de 2006 será disputado por 20 equipes em pontos corridos, num turno único de 19 rodadas em que todas os times jogarão entre si. A competição terá início em 11 de janeiro e término em 09 de abril.
Será campeã a equipe que somar mais pontos ao final das 19 rodadas. Em caso de empate entre dois ou mais times, o vencedor será definido obedecendo os seguintes critérios, nesta ordem: maior número de vitórias, melhor saldo de gols, maior número de gols marcados, vantagem no confronto direto (exclusivo quando o empate ocorrer apenas entre dois clubes), sorteio público na sede da FPF.
Ao final da competição, as quatro equipes que somarem menos pontos serão rebaixadas à Série A-2 do Campeonato Paulista. Em caso de igualdade em pontos, serão observados os mesmos critérios de desempate que determinam o campeão.
Por fim, excluídos os clubes que já tenham vaga assegurada na Série A, B ou C do Campeonato Brasileiro de 2005, as quatro melhores equipes classificadas no Campeonato Paulista são indicadas para a disputa da Série C do Nacional.
