A Copa Sul-Americana 2013 será disputada em cinco fases, com jogos eliminatórios de ida e volta - o sistema mata-mata. O campeão garante vaga para a pré-Libertadores de 2014 e disputa a Recopa Sul-Americana 2014 contra o Atlético-MG, campeão da Libertadores 2013, e a Copa Suruga 2014, contra o campeão da Copa da Liga Japonesa.

Na fase preliminar da competição, as equipes brigam por 16 vagas na segunda fase. Destes, oito seguem para as oitavas de final.

Brasil e Argentina

As oito equipes brasileiras que disputam o torneio estreiam já na segunda fase, onde disputam quatro eliminatórias entre si para definir os quatro representantes do Brasil nas oitavas.

Pela chave argentina, seis times se enfrentam na segunda fase para definir outras três vagas nas oitavas de final.

Oitavas de final

Nas oitavas, o São Paulo, campeão da Copa Sul-Americana de 2012, irá se juntar as 15 equipes classificadas na segunda fase.

Os vencedores de cada duelo passam para as quartas de final, e assim se segue até a final. Em caso de classificação de dois clubes de um mesmo país às semifinais, haverá remanejamento de chaves.

Desempate

Em qualquer fase, exceto na final, os critérios de desempate são, nesta ordem:

a) saldo de gols

b) gols fora de casa

c) cobranças de pênaltis, sem prorrogação

Em caso de empate na final, o primeiro critério é o saldo de gols. Mantendo-se a igualdade haverá prorrogação de 30 minutos (dois tempos de 15min). Se o empate persistir, o campeão será definido após cobranças de pênaltis.