Vinte equipes disputam o Campeonato Paulista – Série A-1 em 2016. Elas foram divididas em quatro grupos com cinco clubes cada, com São Paulo, Corinthians, Palmeiras e Santos como cabeças de chave.

Na primeira fase, os times de um grupo enfrentam os demais de outras chaves em turno único, em 15 rodadas. Não há jogos entre equipes do mesmo grupo nesta etapa da competição. Os dois primeiros colocados de cada chave se classificam para a próxima fase, exceto se um deles ou ambos estiverem entre os rebaixados.

Nas quartas de final, o primeiro colocado de cada chave joga com o segundo de seu respectivo grupo, em partida única. Os vencedores passam para as semifinais, nas quais os duelos serão definidos de acordo com a campanha (1º x 4º e 2º x 3º, levando-se em consideração todas as fases anteriores), também em um único jogo. Caso haja empate em jogos das quartas e das semifinais, haverá decisão por pênaltis. Os ganhadores decidem o título do campeonato, em confrontos de ida e volta.

Diferentemente de edições passadas, a Série A-1 do Paulista terá seis (e não quatro) times rebaixados: serão aqueles com as piores campanhas da primeira fase, independentemente do grupo. Também houve mudança no acesso: apenas dois clubes (e não quatro) sobem da Série A-2 – ou seja, o Paulistão-2017 terá 16 equipes.

Ao final da primeira fase, caso um grupo tenha 4 ou 5 times entre os de piores campanhas, classificam-se para as quartas o melhor ou os dois melhores terceiros colocados dos demais grupos, respectivamente.

Os critérios de desempate são os seguintes:

a) Maior número de vitórias;

b) Maior saldo de gols;

c) Maior número de gols pró;

d) Menor número de cartões vermelhos;

e) Menor número de cartões amarelos;

f) Sorteio.