Já na Série B do Campeonato Brasileiro, o Palmeiras enfrentava o Vitória pelas oitavas de final da Copa do Brasil, no dia 23 de maio de 2003, em pleno estádio Palestra Itália. O goleiro Marcos já não estava em seus melhores dias, já havia sofrido 6 gols da equipe baiana e a torcida presente no Parque Antártica protestava intensamente contra o time. Então, aos 32 minutos do segundo tempo, o pentacampeão foi tentar afastar uma bola de sua área com um 'chutão' e acabou proporcionando uma grande furada que entrou para a história do jogador, resultando no sétimo gol do Vitória.

Na véspera do Natal de 2003, Marcos mostrou que não sabe andar de moto. O ex-goleiro palmeirense cometeu mais uma tremenda trapalhada durante suas férias de fim de ano, caiu da moto e sofreu ferimentos no abdômen, na parte posterior da perna direita e uma no pé direito, o que acabou tirando o jogador dos primeiros dias de treinamento do clube alviverde na pré-temporada de 2004 devido a mais uma lesão na carreira, desta vez, bastante inusitada. O Palmeiras, na época, informou em primeiro momento que o goleiro tinha problemas musculares, mas depois admitiu que a causa das lesões foi o acidente.

No dia 9 de março de 2008, Marcos perdeu a cabeça com o atacante do Bragantino Malaquias, em partida do Campeonato Paulista. Após receber uma solada do adversário, o goleiro não se conteve e deu um chute no rival, que estava caído no chão. O árbitro Paulo César de Oliveira marcou pênalti na hora e expulsou o palmeirense. A sorte de São Marcos é que o Palmeiras, que perdia por 2 a 0, acabou virando para 5 a 2 e ainda ficou com o título Paulista daquele ano. Após o jogo, Marcos ainda saiu reclamando que estava cansado de apanhar, mostrando a marca da entrada de Malaquias.

EXPULSO, MARCOS RECLAMA DE 'SOLADA'

Como cantor, Marcos se mostrou um ótimo goleiro. No ano de 2008, o ex-camisa 12 palmeirense se arriscou, juntamente com os ídolos do time Valdívia e Edmundo, a cantar o hino do clube que o revelou para o mundo do futebol, em uma ação de marketing do Palmeiras na época. O resultado não foi dos melhores, e a participação de São Marcos entrou mais uma vez para sua coleção de 'micos' com uma bela desafinada. "Eu sou muito desafinado", reconheceu o goleiro após a gravação.

Ele não aprendeu. Após a (péssima) experiência como cantor do hino do Palmeiras, Marcão soltou a voz novamente, agora como garoto-propaganda na televisão. Em comerciais para uma marca de pneus, o goleiro apareceu até de 'São Marcos' para operar mais um de seus 'milagres' e cantava o jingle da empresa ao final de uns dos comerciais promocionais para a Copa do Mundo de 2010 na África do Sul.