Atual campeão da Copa Kaiser, o Classe A conseguiu se classificar para a próxima fase na última rodada da Etapa 2, após vencer o Estrela FC, de Rio Pequeno, por 2 a 0, na Arena Kaiser. O time da Barra Funda precisava de uma vitória para garantir sua vaga na Etapa 3 e seguir vivo na busca pelo bicampeonato da várzea paulistana.

Ainda nos campos da Zona Oeste, as duas partidas válidas pelo grupo S-13 terminaram com o mesmo placar de 3 a 0 e classificaram seus respectivos vencedores. No campo do Caju, o Praça bateu o QK Vila Nova, do Butantã, e terminou na segunda posição. Já no campo do Vila Izabel, o Catumbi, de San Remo, eliminou o Unidos do Largo 13 e ficou com a liderança do grupo.

Pela Zona Leste, o Nápoli EC, campeão de 2002, conseguiu a classificação ao bater o Coroa pelo placar mínimo. A equipe da Vila Industrial terminou na liderança do grupo L-31, com sete pontos. No campo do Mané Garrincha, o Botafogo EC venceu a quinta partida consecutiva na competição sobre o SDX, por 2 a 1, se classificando em primeiro no grupo L-35 e garantindo seu favoritismo na Etapa 3.

Na Zona Sul de São Paulo, o Bafômetro FC, de Heliópolis goleou o Parque São Paulo por 4 a 1 e se classificou em segundo lugar no grupo S-12, com cinco pontos, atrás do Beira Rio, de Vila Brasilina, que venceu a SE Ponte Preta por 3 a 1.

Pelo grupo S-13, as duas partidas que decidiam a classificação geral foram emocionantes e terminaram empatadas em 3 a 3. Melhor para o Nós Travamos, de Jardim Ângela, e para o Cantareira, de Heliópolis, que se classificaram na primeira e segunda posições, respectivamente. No outra decisão do grupo, o empate acabou eliminando o R-2 Debony FC, de Parque Dorotéia, e o Unidos FC, de Jardim Maria Estela.

Encerrando na Zona Norte da capital, o Leões da Geolândia, campeão de 2005, se classificou em primeiro do grupo N-12, com sete pontos, após empatar com o Lagoinha, de Vila Maria, em 1 a 1. Outro campeão classificado para a Etapa 3 desta edição é o Lausanne Paulista,  que também empatou em 1 a 1 com o Mocidade Cabuçu. O time campeão de 1999 ficou com a segunda colocação do grupo N-13.