A Copa São Paulo de Futebol Júnior 2014 contém seis fases: primeira fase, segunda fase, oitavas de final, quartas de final, semifinal e final.

Na primeira fase as equipes se enfrentam dentro dos respectivos grupos, em turno único, classificando-se para a segunda fase os líderes de cada chave e os seis melhores colocados por índice técnico, independentemente do grupo a que pertençam.

Caso ocorra igualdade de pontos entre duas ou mais equipes, o desempate se dará de acordo com os seguintes critérios, nessa ordem:

a) Número de vitórias;

b) saldo de gols;

c) número de gols marcados;

d) menor número de cartões vermelhos;

e) menor número de cartões amarelos;

f) confronto direto (somente no empate entre dois times)

g) sorteio

A partir da segunda fase, a competição será disputada no sistema de eliminatórias simples. Todos os confrontos que terminarem empatados a partir desta fase serão decididos em cobranças de pênaltis.